擎提前升空，使用時間停止消滅了厄普西隆的入侵部隊。
由于是提前升空，悖論引擎的武裝系統(tǒng)還不完善。
為了悖論引擎的安全，盟軍主力隨著悖論艦隊一同撤離了英倫三島。
雖然尤里在錫利群島部署了大量防空武器，但都被盟軍最新的超時空軍團(tuán)接觸。
雖然設(shè)計初衷是為了對抗蘇聯(lián)，但顯然現(xiàn)在威脅最大的是己經(jīng)占領(lǐng)了莫斯科的厄普西隆軍。
撤離的盟軍主力組建成了遠(yuǎn)征軍，依靠著悖論引擎摧毀了數(shù)十座西歐的基地，并打算摧毀位于北非的厄普西隆軍事科技研究基地與最新軍事科技。
然而厄普西隆的“異教”正好在那兒，成功保護(hù)住了原型機(jī)。
因為太依靠悖論引擎，現(xiàn)在的悖論引擎己經(jīng)快沒電了。
為了充電，盟軍將目光放到了位于加納利群島擁有大量生化反應(yīng)室的厄普西隆基地。
另一方面，蘇軍發(fā)現(xiàn)了厄普西隆在芝加哥新建的心靈控制增幅器，它嚴(yán)重威脅到了還剩余在霉國的蘇軍部隊。
琪裁同志率領(lǐng)著拉丁同盟的部隊，占領(lǐng)了這座增幅器，重新掌握了對霉國的控制。
霉國剩余的厄普西隆軍為了脫離蘇軍的掌控，并刺殺琪裁，在底特律樹立了一座心靈信標(biāo)，不過一支拉丁同盟的部隊發(fā)現(xiàn)并發(fā)動了攻擊。
雖然結(jié)果保住了這個信標(biāo)，但也錯過了刺殺將軍同志的機(jī)會。
而位于波士頓的霉國反抗軍，在悖論艦隊的支持下占領(lǐng)了一座厄普西隆的心靈信標(biāo)，并控制了當(dāng)?shù)卣谘邪l(fā)心靈支配儀的厄普西隆基地。
然而“異教”卻輕易的摧毀了這座心靈信標(biāo)，并指揮部隊消滅了這支殘余的霉國反抗軍。