后請朱元璋核實事件真實性，最終查明是被人冤枉的。
翰林學士宋濂受其長孫宋慎牽連而獲罪，被逮捕至京城判以死刑，馬皇后懇請朱元璋像普通百姓一樣善待老師，朱元璋不聽，馬皇后便陪太祖吃飯時既不吃肉也不喝酒，稱在為宋先生做福事，太祖第二天便赦免了宋濂的死罪。
安然離世洪武十五年（1382年）八月，馬皇后患重病臥床不起。
朱元璋遍尋天下名醫為皇后診治，馬皇后深知自己病重難醫，唯恐朱元璋遷怒降罪于醫生，堅決不肯服藥，當月溘然長逝，享年五十一歲。
朱元璋下令京城文武官員服喪服27天，素服100天，全國停止音樂祭祀100天等。
馬皇后曾頒布懿旨“凡天下女子，毋論貧賤富貴，嫁為人婦之時，皆可著鳳冠霞帔”。
此外，她還將宋代的家法匯編成冊，讓后妃們朝夕攻讀。
這些家法的推行目的是規范后宮秩序，讓后宮妃嬪們學習前代賢后的行為規范和品德修養，如賢良淑德、不干預朝政、節儉持家等諸多理念，使后宮管理更加有序，減少妃嬪之間的紛爭，同時也向外界展現后宮良好的風氣。