等巢軍斥候發現李克用時，李克用幾乎就是跟在巢軍斥候的屁股后面，一路追擊。
本來，正常情況下，步軍之外，還有騎兵掩護，像這種騎兵主力跟在斥候屁股后面，直沖步陣的行為，那是很少出現，因為這么干，十次有九次會翻車。
黃巢本來也是有騎兵的，但是圍困陳州太久，糧食不夠，即便是緊著戰馬，黃巢也養不起大規模的騎兵。
特別是被大雨泡了糧食，騎兵數量一減再減，李克用率沙陀騎兵直接沖入尚且在行軍狀態的巢軍中，一戰而大破黃巢。
斬首萬余級，兵力的損失只是一方面，更為重要的是，建制被沙陀騎兵沖散，黃巢大敗而走。
李克用大勝的消息，刺激了朱全忠，朱全忠隨即率軍三萬余眾，立擊巢軍另一路尚讓部。
同時，唐軍其余諸鎮，相繼進兵，雙方于汴州城南尉氏門外，繁臺，瓦子寨等地廝殺。
巢眾聞黃巢大敗的消息后，軍心大亂，一敗再敗，沿路上密密麻麻皆是死尸，粗略估算，足有兩萬余眾被殺。
尚讓是僅次于黃巢的重要人物，因敗勢窮的情況下，尚讓率部萬余人投降感化軍節度使時溥。
而其它將領如李讜，霍存，葛從周，張歸霸和張歸厚兄弟皆率其殘部投降朱溫，朱溫軍勢大漲。
黃巢實力已十不存一，且黃巢對眾將屢屢叛降之舉又氣又疑，疑心一起，多有巢軍大將被殺，軍中更是毫無士氣。
見勢不可為，黃巢自領人馬奔向兗州，李克用一路追擊，至曹州黃巢再次和李克用決戰，依然不勝。
黃巢敗走到兗，鄆二州之間，李克用俘獲降軍男女四萬余眾，車馬器服，甚至還得了黃巢自制的大齊天子玉璽，黃巢之子亦被李克用所俘。
一路追殺，便是鐵人也有些受不了，李克用兵士疲憊，戰馬多有損耗，便是一路補充也來不及供應，且糧食已經告急。
李克用見黃巢躲入太山之中，自己已經立下大功，既然未能抓獲黃巢，李克用也不想翻山越嶺的去追捕，于是暫時停止了追殺。
而這個時候的黃巢，真可謂是凄風慘雨，仍追隨自己的部眾，不足兩千眾，此時的黃巢已經不再年輕，六十四歲的高齡，精氣神也被這一敗再敗的戰事，折磨消散。
至六月中旬時，黃巢率殘軍行至兗州西北的瑕丘時，又被唐軍圍困，突圍出來的只剩數百人。
見外圍仍有大量唐軍圍追堵截，悲憤交加之下，黃巢喟然長嘆：“吾等揭竿，本欲蕩平唐王朝，鏟除天下不平，救百姓于水火，不幸一敗至此，此天命也！”
隨即，黃巢自刎而死，其外甥林言殺黃存，黃鄴，黃揆，黃欽，黃秉，黃萬通，黃思厚等黃氏族人，以及黃巢妻子兒女后，帶著殘部去投奔唐軍，結果半路上就被唐軍所殺。
至此，轟轟烈烈的黃巢起義，宣告落幕。
黃巢之敗，有多種因素，但其中陳從進認為最為重要的，便是黃巢沒有長遠的目光，入了長安后，被威嚴華麗的宮室，以及那無數的美眷給迷住了雙眼。
陳從進合起文書，心中感慨，無論怎么說，黃巢也算是一代梟雄，他的這一生，是波瀾壯闊的，他是復雜的，不是一句簡單的好人，還是壞人，所能概括的。